Не обучилась алгоритму.
После скидывании клеммы с АКБ сбиваются настройки ЭБУ.
Поэтому дроссельную заслонку либо принудительно обучают либо она обучается сама, но самообучение у всех почемуто по разному проходит. У когото и за 100 км она не обучается а у когото она обучается за 10. У меня лично она обучается после пробега гдето16 км, т.е. пока еду 12 км до работы коробка то тормозит с эфектом выбрасывания якоря, то смачный пинок в опу с последующим ускорением. После окончания рабочего дня проезжаю еще пол пути до дома и всё становится нормально.
Что касается непосредсвенно работы АКПП.
Пару месяцев назад на СТО менял полностью масло с фильтром (масло оригинал), пиночки в обе стороны почти прошли. Но если стою в пробке, то на срезе примерно 20 и 40 км, пинки имеют ярко выраженный характер, но связано это с тем что в этих диапазонах я не могу разогнать авто, так сказать АКПП зависает на моменте принятия решения - и то на 2 переключит то сразу вернет на 1 ну и соответственно со 2 на 3 и сразу на 2, но если не дотягивать до этих границ - пинков нет.
Посмотрите свечи, если на керамическом ободке есть нагар, то замените наконечники катушек. Спросите причем тут они, отвечу, это тойота а не жигуль, в ней каждая мелочь завязана на точной работе механизма в целом.
Ну а у нас на форуме я не встречал решение проблем с АКПП путем перепрошивки ЭБУ.